מועדון הפועל באר שבע נשים, שחרט על דגלו קידום שוויון זכויות לנשים בתחום ספורט  הכדורגל ,   הוקם בשנת 1999, ע״י מיכל ראובן, ניסו אביטן מיכאל ראובן ואחרים.  המועדון מנוהל באמצעות עמותה , ללא כוונת רווח , כשחבריה וכן הועד המנהל בה ממלאים תפקידם בהתנדבות מלאה.
כבר בעונה הראשונה (2000/2001) סיימה קבוצת הנשים הבוגרת במקום ה-5 והמכובד בעונה שכללה קבוצות בעלות שם כגון מכבי חיפה, הפועל תל אביב, בית״ר ירושלים ועוד.
הישג השיא של הקבוצה בליגת העל לנשים היה המקום ה-4 בעונת 2007/2008.
בעונת 2009/2010 ירדה לראשונה קבוצת הבוגרות לליגת המשנה (הליגה הלאומית כיום) , ועלתה חזרה לליגת העל לאחר שזכתה באליפות הראשונה בתולדותיה לעונת 2010/2011. קבוצת הנשים גם זכתה בגביע ליגת הנשים השנייה , וסיימה את העונה עם דאבל.
בעונת 2012/2013 ירדה קבוצת הנשים בפעם השנייה לליגת המשנה, וחזרה לליגת העל לאחר 5 שנים. בעונה זו (2017/2018) סיימה קבוצת הנשים את העונה ללא הפסד, ועשתה היסטוריה, כאשר הפכה להיות הקבוצה הראשונה (ועד כה היחידה) בהיסטוריה של כדורגל הנשים בישראל שהעפילה לשלב חצי גמר גביע המדינה בעודה משחקת בליגת המשנה. נכון להיום (עונת 2022/2023) , אף מועדון לא הגיע להישג זה.
הישג השיא של המועדון במסגרת גביע המדינה הוא חצי גמר , אליו הגיע קבוצת הנשים 8 פעמים.
בעונת 2018/2019 קבוצת הנשים ירדה לליגה הלאומית פעם נוספת ובעונת 2019/2020 עלתה חזרה לליגת העל. בעונה זו הקבוצה קבעה שיאים חדשים. קבוצת הנשים סיימה את העונה ללא הפסד , והפכה להיות הראשונה המסיימת ,ללא הפסד 2 עונות. ובנוסף, קבוצת הנשים סיימה בהפרש השערים הגדול בהיסטוריה של הליגה עם 173 שערי זכות ו-6 שערי חובה בלבד (הפרש של 166).
נכון לעונת 2023/2024 , קבוצת הנשים משחקת בליגה הלאומית.
במרוצת השנים הוקמו במועדון קבוצות ילדות , נערות וטרומיות, המשתתפות בליגות השונות של ההתאחדות לכדורגל. במסגרתן, יכולות ילדות ונערות, כבר מגיל צעיר להשתתף ולמצות כישורן בענף הכדורגל וכן , לרכוש ידע , מיומנות ומקצועיות . לקבוצת הנערות אליפות אחת (2009/2010).